Enfrentamientos indígenas

En esta pelea de indígenas destaca la de losmayas de la península de Yucatán, los Tzotziles, y los Tzeltales de Chiapas, los yaquis de Sonora, los coras y los huicholes de Nayarit. Debido a la lejanía gegráfica de los centros de poder político, durante la etapa virreinal estos grupos étnicos pudieron mantenerse como naciones independientes; al establecerse el Estado nacional con la consecuente pérdida de su autonomía, estos pueblos se enfrentaron contra el gobierno en una lucha que persistió hasta finales del siglo XIX.

Los mayas de la península de Yucatán, que en 1847 iniciaron la terrible "guerra de castas", despúes de muchos enfrentamientos llegaron a formar un gobierno no dependiente con características teocrático-ilitares, que les permitió organizar una sociedad libre en la selva del estado de Quintana Roo, fue del alcance de las leyes y las haciendas henequeneras, persistiendo en su lucha por la defensa de esa autonomía y la restitución de sus tierras. En algunas ocaciones, el gobierno federal porfirista, en un intento por pacificarlos, les ofreció la división y el reparto de tierra, pero los mayos no aceptaron esas condiciones. Ante esta negativa, las autoridades estatales y federales emprendieron una fuerte campaña de represión militar, que culminó en 1904 cuando el ejercito federal logro pacificar a los rebeldes. En el noroeste del país, los Yaquis se hacian mantenido en rebeldia desde la segunda decada del siglo XlX, sin que las represiones gubernamentales lograran someterlos, en diciembre de 1896 el coronel Francisco Peinado propuso su tratado de paz al lider Yaqui Juan Maldonado, al que llamaban "Tetabiate" , mientras, autorizado por el gobierno el militar enviaba alimentos y ganado a los indios, asegurando que sus vidas, tierras e intereses serian respetados.